Tedavi ile HPV virüsünü yok etmek mümkün değildir. Tedavi sadece Kondilomları yani görünür lezyonları ortadan kaldırır. HPV’i tamamen yok eden bir ilaç mevcut değildir, önemli olan virüse ve virüsün risklerine karşı önlem almaktır. Virus vücutta ömür boyu kalıcı değildir, bağışıklık sistemine bağlı olarak kişiden kişiye ve virüs tipine bağlı olmak üzere yıllar içinde ortadan kalkabilmektedir.